原创《香樟MK基因克隆和生物信息学分析》：关于免费基因克隆论文范文在这里免费下载与阅读,为您的基因克隆相关论文写作提供资料。
摘 要 本研究基于香樟轉录组测序数据,设计特异性引物进行扩增,应用反转录RT-PCR技术,克隆获得香樟合成甲羟戊酸激酶（Mevalonate kinase,MK）的开放读码框ORF序列全长.根据Gibison同源重组的方法将目的基因克隆至p ART-LCKan载体上,将鉴定为阳性的重组质粒进行测序分析以及生物信息学分析.测序结果表明：CcMK基因ORF全长为1 194 bp,编码397个氨基酸.理化分析可知CcMK蛋白分子式为C1 852H3 027N487O574S17,相对分子质量为41 845.34,等电点为5.30.CcMK蛋白是一个定位于细胞质,不含信号肽的亲水性稳定蛋白,且含有保守结构域GHMP激酶家族特异性的N末端和C末端.分子进化树分析结果表明,香樟CcMK蛋白和红掌、川贝母、野芭蕉、海枣、油棕等植物的蛋白处于同一分支上,亲缘关系较近.利用实时荧光定量PCR方法检测CcMK基因在香樟的叶、茎和根中的表达情况,结果表明,CcMK基因在香樟的叶中表达丰度最高.本研究首次从香樟中克隆了CcMK基因,并对其进行了生物信息学分析,为进一步研究CcMK基因在香樟萜类合成途径中的作用奠定了理论基础.
关键词 香樟；甲羟戊酸激酶；基因克隆；生物信息学分析
中图分类号 Q946.5 文献标识码 A
Abstract Based on the transcriptome data of Cinnamomum camphora, specific primers were designed by reverse transcription RT-PCR to clone the full-length ORF sequence of Mevalonate kinase（MK）from C. camphora（Cc）. According to the method of homologous recombination of Gibison gene CcMK gene was cloned into the p ART-LCKan vector. The recombinant plasmid was identified with resistance and DNA sequencing. Bioinformatics analysis on CcMK was carried out. Sequencing results showed that the CcMK gene ORF was 1 194 bp, encoding 397 amino acids. Bioinformatic analysis showed that the molecular formula of CcMK protein was C1 852H3 027N487O574S17, The relative molecular mass was 41 845.34, and the isoelectric point was 5.30. CcMK protein was a stable protein localized in cytoplasm with no signal peptide, which contained a GHMP kinase family specific N terminal and a conserved domain of C terminal. The molecular phylogenetic tree analysis showed that CcMK protein and Anthurium amnicola, Fritillaria cirrhosa, musa acuminata subsp malaccensis, Phoenix dactylifera, Elaeis guineensis MK protein were in the same branch of close relationship. CcMK gene was cloned firstly from C. camphora and analyzed by bioinformatics. These results would lay a foundation for further research on the role of CcMK gene in the terpene synthesis of C. camphora.
Key words Cinnamomum camphora； Hydroxy acid kinase； gene cloning； bioinformatics analysis
doi 10.3969/j.issn.1000-2561.2017.12.017
香樟[Cinnamomum camphora（L.）Presl]属于樟科,是一种常见的常绿阔叶树种.樟树资源在我国非常丰富,主要分布在长江流域及以南方各省（区）[1].在环境绿化中有着很重要的作用,近年来在园林绿化中广泛应用[2].香樟富含挥发油,挥发油的成分大部分是萜类化合物,具有芳香气味且有多种生物活性被广泛用于食品、化妆品和药品中[3-4].萜类化合物具有重要的商业价值和药用价值,如单萜类化合物芳樟醇是重要的香料可以作为化妆品香精的原料[5],倍半萜类化合物 是医用抗疟疾的特效药[6],二萜类化合物紫杉醇是重要的抗癌药[7]等.
甲羟戊酸（MVA）途径是植物萜类生物合成的主要途径之一[8].甲羟戊酸激酶（MK）是MVA途径中控制整个代谢途径的限速酶,为3个连续ATP依赖酶中的第一个酶.在植物中MK酶主要参和类异戊二烯衍生物的合成,其代谢产物萜类物质是香樟精油中芳香物质的主要来源[9].MK的功能为促使三磷腺苷上的一个磷酸基团转移到甲羟戊酸第5位的羟基上,形成甲羟戊酸-5-磷酸[10],之后经过一系列的酶促反应生成IPP,为萜类化合物的合成提供前体.
基因克隆论文参考资料：
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