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关于基因克隆论文范文资料 与甘蔗TB1基因克隆和生物信息学分析有关论文参考文献

版权:原创标记原创 主题:基因克隆范文 科目:职称论文 2024-03-19

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摘 要 以负调控禾本科植物分蘖的关键基因TB1为研究对象,根据水稻、玉米、高粱TB1同源基因保守序列设计引物,使用RT-PCR方法和RACE技术从甘蔗茎尖处克隆到该基因的同源基因ScTB1.ScTB1 cDNA全长1 668 bp,包含274 bp的5′ UTR,1 149 bp的CDS和245 bp的3′ UTR.生物信息学分析表明该基因可编码382个氨基酸残基,编码产物含有保守的SP区、TCP区和R区,属于TCP家族转录因子.其分子量为40.7 ku,理论等电点为8.55,蛋白亚细胞定位预测其主要定位于细胞质.系统进化分析表明ScTB1属于CYC/TB1亚族蛋白,和高粱TB1和玉米TB1聚为一个亚类.根据序列的保守性和预测结果可推测ScTB1很可能也参和了甘蔗分蘖性状的调控.

关键词 甘蔗;分蘖;TB1基因;克隆;生物信息学分析

中图分类号 S566.1 文献标识码 A

Abstract In this study, TB1 homolog of sugarcane was cloned from the stem apex by using RT-PCR and RACE method referring to the conserved sequence of TB1 homologs in rice, maize and sorghum. The cDNA length of ScTB1 is 1 668 bp, which contains 274 bp 5′ UTR, 1 149 bp CDS and 245 bp 3′ UTR. Bioinformatics analysis showed that ScTB1 belonged to the TCP family of transcription factors, which is composed of 382 amino acid residues and contains three conservative domains(SP, TCP and R domains). The molecular weight and theoretical isoelectric point of ScTB1 was 40.7 ku and 8.55, respectively, and the gene was likely located in cytoplasm. Phylogenetic tree analysis indicates that ScTB1 belonged to CYC/TB1 subfamily and had a very close relationship with TB1 homologs of maize and sorghum. Based on the sequence conservation, it is suggested that ScTB1 may be required for the regulation of tillering trait. This study provides important information for further research on the functional analysis and regulating mechanisms of ScTB1 in future.

Key words Sugarcane; Tillering; TB1 gene; Cloning; Bioinformatics analysis

doi 10.3969/j.issn.1000-2561.2015.11.010

甘蔗(Saccharum spp.)是主产于热带和亚热带区域的重要糖料经济作物,全世界近80%以上的食糖来自于甘蔗.此外,甘蔗还因蕴含较高的生物量而成为世界上最重要的能源作物之一[1-2].甘蔗属无性繁殖作物,蔗茎为其主要收获产品,主要由单一的主茎和有效分蘖茎组成,其中有效分蘖茎数量的多少对于甘蔗最终产量的大小具有重要影响,由此可见,分蘖性状表现对于甘蔗产量具有举足轻重的作用.而从甘蔗分蘖性状着手,研究其分子基础,对于利用分蘖性状改良甘蔗品种产量具有重要意义.

TB1(TEOSINTE BRANCHED 1)基因,是一个作用于独脚金内酯(Strigolactones, SLs)下游的基因,属植物所特有的TCP家族转录因子,编码含有不典型的螺旋-环-螺旋结构(non-canonical basic-Helix-Loop-Helix strueture,bHLH)的DNA结合蛋白,主要在分生组织中起作用,和细胞分化和生长有很大的关系[3].研究发现,TB1对禾本科植物侧枝的发生有着重要的作用,是多条信号调节通路的一个节点,它和上下游基因互作共同参和禾本科植物分蘖性状的调控[4-6].TB1最先从玉米中克隆出来[4],后又在水稻[7]、高粱[8]、拟南芥[9]等作物中克隆出其同源基因并进行了功能分析,结果表明TB1在单子叶植物和双子叶植物中结构和功能方面都表现出高度的保守性.目前有关甘蔗TB1基因的研究报道还十分少,Pribil等[10]曾在研究报道中简单提到转入水稻或甘蔗TB1基因的转基因甘蔗株高有显著增加,但分蘖数有所降低;Aitken[11]等检测了一个从甘蔗TB1基因EST序列开发的EST-SSR标记,发现该标记对甘蔗分蘖性状影响的效应较小;而关于甘蔗TB1基因的结构和功能尚不清楚,限制了利用甘蔗TB1基因调控甘蔗品种分蘖性状表现、形态建成和产量改良.鉴于TB1基因在植物分枝(蘖)调控中的重要作用和在甘蔗研究中的滞后,本研究采用RT-PCR和RACE技术克隆到甘蔗TB1基因(ScTB1),并对其开展生物信息学分析,以期初步探索ScTB1的结构和功能,为后续该基因的功能解析、分子调控机制研究和分子辅助育种利用奠定良好的基础.

基因克隆论文参考资料:

基因工程论文

基因和健康论文

结论:甘蔗TB1基因克隆和生物信息学分析为关于本文可作为基因克隆方面的大学硕士与本科毕业论文基因克隆技术的原理论文开题报告范文和职称论文论文写作参考文献下载。

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